聚丙烯酰胺絮凝劑是由丙烯酰胺和N，N'甲叉雙丙烯酰胺聚合而成的大分子。凝膠有 格子是帶有酰胺側鏈的碳-碳聚合物，沒有或很少帶有離子的側基，因而電滲作用比較小，不易和樣品相互作用。
聚丙烯酰胺絮凝劑是一種人工合成的物質，在聚合前可調節單體的濃度比，形成不同程度交鏈結，其空隙度可在一個較廣的范圍內變化，可以根據要分離物質分子的大小，選擇合適的凝膠成分，使之既有適宜的空隙度，又有比較好的機械性質。一般說來，含丙烯酰胺7-7.5%的凝膠，機械性能適用于分離分子量范圍不1萬至100萬物質，1萬以下的蛋白質則采用含丙烯酰胺15-30%的凝膠，而分子量特別大的可采用含丙烯酰胺4%的凝膠，大孔膠易碎，小孔膠則難從管中取出，因此當丙烯酰胺的濃度增 加時可以減少雙含丙烯酰胺，以改進凝膠的機械性能。
聚丙烯酰胺絮凝劑在一定濃度范圍聚丙烯酰胺對熱穩定。凝膠無色透明，易觀察，可用檢測儀直接測定。丙烯酰胺是比較純的化合物，可以精制，減少污染。合成聚丙烯酰胺凝膠的原料是丙烯酰胺和甲撐雙丙烯酰胺。丙烯酰胺稱單體，甲撐雙丙烯酰胺稱交聯劑，在水溶液中，單體和交聯劑通過自由基引發的聚合反應形成凝 膠。在聚丙烯酰胺凝膠形成的反應過程中，需要有催化劑參加，催化劑包括引發劑和另速劑兩部分。引發劑在凝膠形成中提供始自由基，通過自由基的傳遞，使丙烯酰胺成為自由基，發動聚合反應，加速劑則可加快引發劑放自由基的速度。
